17 Ekim 2016 tarihinde yapılan ev baskınlarında gözaltına alındıktan bir hafta sonra çıkarıldığı mahkemece tutuklanan ve Trabzon E Tipi Kapalı Cezaevi’nde tutulan Sayılgan’ın 15 yıla kadar hapsi istendi. Muhabirin, haber kaynakları ile yaptığı telefon görüşmeleri, haberler, sosyal medya paylaşımları, TV kanallarıyla yaptığı telefon görüşmelerinin suçlamaya konu edildiği savunuldu.
Medya ve Hukuk Çalışmaları Derneği (MLSA) Hukuk Birimi’nce savunulan, mütalaaya karşı Kürtçe savunma yapan Sayılğan, “Daha önceki duruşmalarda da savunmamı yaptım. Duruşmaya getirilmek istendim. O zaman OHAL bahane ediliyordu, şimdi yine katılma talebim ‘getiremiyoruz’ gerekçesiyle reddediliyor. İddianamemde haber ve tape kayıtları var. Bunun örgüt üyeliğiyle alakası yok” dedi. İdris Sayılğan için Medya ve Hukuk Çalışmaları Derneği ile Media Legal Defence Initiative avukatları birlikte AİHM başvurusu yaptı.
Muş 2. Ağır Ceza Mahkemesi, haber kaynaklarıyla ilişkilerini gerekçe göstererek KHK ile kapatılan DİHA Ajansının muhabiri İdris Sayılğan’ı “PKK üyeliği” ve “örgüt propagandası” iddialarıyla 8 yıl 3 ay hapis cezası verdi. Sayılğan, avukatları Barış Oflas ve Medya ve Hukuk Çalışmaları Derneği (MLSA) temsilcisi Zelal Pelin Doğan’in AİHM’e yaptığı başvuru sonuçlanmadan önce ceza almış oldu. 2,5 yıldır mahpus olan ve Trabzon E Tipi Kapalı Cezaevi’nde tutulan Sayılğan’a verilen cezada, “savunmayı aşan suçlayıcı ithamlar” gerekçe yapılarak indirime gidilmedi. Daha önce SEGBİS ile hapishaneden duruşma salonuna bağlanan Sayılğan, karar duruşmasında, mahkemeye getirildi. Sayılğan, “Savunmamdan önce Trabzon Cezaevi’nden Patnos ve Muş cezaevine getirilirken girişte çıplak arama ve işkence gördüm. Mahkeme heyeti aracılığı ile suç duyurusunda bulunuyorum” dedi (25 Ocak).
Haber kaynaklarıyla yaptığı telefon görüşmeleri gerekçe gösterilerek 1137 gün cezaevinde tutulduktan sonra Sayılğan, Erzurum Bölge Adliyesi 2. Ceza Dairesi yapılan istinaf incelemesi sonrasında 27 Kasım 2019’da yurtdışı çıkış yasağı uygulanarak tahliye edildi.
Sayılğan 8 Ocak’ta katıldığı ilk duruşmada suçlamaları kabul etmeyerek beraatini talep etti. Sayılğan’ın avukatı Mustafa Murtezaoğlu ise esas hakkında savunma için ek süre talep etti. Talebi kabul eden mahkeme, davanın bir sonraki duruşmasını 25 Mart tarihine ertelendi (8 Ocak).
29 Şubat 2020’de sınır kapılarında bekleyen mültecilere ilişkin haber yaparken yeniden gözaltına alındı ve yurtdışı çıkış yasağını ihlal ettiği gerekçesiyle tutuklandı. Gazetecinin haber yapmak için sınırda bulunduğu ve Türkiye’den çıkmak niyeti olmadığına yönelik itiraz üzerine Sayılğan 3 Mart’ta serbest bırakıldı.
25 Mart’ta gerçekleşmesi beklenen duruşma koronavirüs salgını kapsamında alınan tedbirler nedeniyle 13 Mayıs’a ertelendi (25 Mart).
16 Eylül’de gerçekleşen duruşmada, esas hakkındaki mütalaasını yazılı olarak sunan savcı, Sayılğan’ın “zincirleme şekilde terör örgütü propagandası yapmak” suçundan cezalandırılmasını talep etti.
Esasa ilişkin savunma yapmak için süre isteyen Sayılğan ve avukatları ayrıca delillerin yeniden araştırılması talebinde bulundu. Avukatların ek süre talebini kabul eden mahkeme heyeti, bir sonraki duruşmanın 2 Aralık 2020’de görülmesine karar verdi (16 Eylül).
2 Aralık’ta gerçekleşmesi beklenen duruşma mahkeme heyetinin Covid-19 temaslı olması nedeniyle duruşmaya bakan geçici heyet, davayı 1 Şubat’a erteledi (2 Aralık).
1 Şubat’ta görülen karar duruşmasında Sayılğan “basın-yayın yoluyla zincirleme örgüt propagandası yapmak” suçlamasıyla 4 yıl hapis cezasına çarptırıldı (1 Şubat).