Özgür Gündem gazetesi İstanbul 8. Sulh Ceza Hakimliği kararıyla 16 Ağustos 2016’da kapatıldı. Gazetenin imtiyaz sahibi Kemal Sancılı 2 Ocak 2017’de gözaltına alındı ve 3 Ocak’ta tutuklandı. Kapatma kararını takiben gazete çalışan ve yöneticileri gözaltına alınmış ve İnan Kızılkaya, Aslı Erdoğan, Zana Kaya ve Necmiye Alpay 2016 yılının Ağustos ayı içinde tutuklanmıştı. Gazetenin eski yayın yönetmeni Eren Keskin adli kontrol şartıyla serbest bırakılmıştı.
23 Kasım 2016’da İstanbul 23. Ağır Ceza Mahkemesi, kapatılan Özgür Gündem Gazetesi çalışanları hakkında hazırlanan iddianameyi kabul etti. İstanbul Cumhuriyet Savcısı Umut Tepe tarafından hazırlanan 31 sayfalık iddianamede Aslı Erdoğan, İnan Kızılkaya, Zana Kaya, Necmiye Alpay, Eren Keskin, Filiz Koçali, Ragıp Zarakolu, Kemal Sancılı ve Bilge Aykut şüpheli sıfatıyla yer alıyor. İddianamede tüm sanıklar için Türk Ceza Kanunu’nun (TCK) “Devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmak” başlıklı 302/1, “ “Silahlı örgüt” başlıklı 314/2, ”Suç işleme amacıyla örgüt kurma” başlıklı 220/1,2,8, 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu’nun (TMK) örgüt propagandasını düzenleyen maddelerinden ceza hapis cezası istendi.
29 Aralık 2016 tarihli ilk duruşmada Erdoğan, Alpay ve Kaya tahliye edildi.
31 Ekim 2017 tarihli duruşmada İnan Kızılkaya ve Kemal Sancılı’nın tahliyesine karar verildi. Mahkeme Kızılkaya ve Sancılı için yurtdışı yasağı koydu.
Yayıncı gazeteci Zarakolu hakkındaki yakalama kararı, avukatı aracılığıyla bulunduğu İsveç’ten adli yardıma açık olduğunu bildirdiği için 6 Mart 2018 tarihli duruşmada kaldırıldı. Aynı duruşmada Koçali hakkındaki yakalama emrinin devamına hükmedildi.
10 Ekim 2018 tarihli duruşmada incelemesi biten dijital materyellerin iadesine karar veren mahkeme, sanıkların ve avukatların dijital inceleme raporlarını incelemesi için yargılamayı 17 Ocak 2019 tarihine erteledi.
13 Ocak 2020 tarihli yargılamanın 15. duruşmasında savcılık mütalaasını açıkladı.
Sorumlu Yazı İşleri Müdürü İnan Kızılkaya, gazetenin imtiyaz sahibi Kemal Sancılı ve eski genel yayın yönetmeni Eren Keskin’in görevde oldukları dönemde yayınlanan yazı ve görseller nedeniyle örgüt üyeliğinden cezalandırılmaları istendi. Zana (Bilir) Kaya hakkında ise gazetenin Eş Genel Yayın Yönetmeni olduğu dönemde gazetede çıkan yazı ve haberler nedeniyle “basın yayın yoluyla zincirleme şekilde örgüt propagandası” iddiasıyla cezalandırılmasını istedi. Yazar Aslı Erdoğan yönünden “örgüt propagandası” iddiasıyla hapis cezası talep eden savcı, Necmiye Alpay ve Bilge Aykut’un ise tüm suçlamalardan beraatini talep etti. Savcı, savunması alınmayan davanın diğer sanıkları Filiz Koçali ve Ragıp Zarakolu’nun dosyalarının da ayrılmasını istedi.
Avukatların mütalaaya karşı savunma yapması için duruşma 14 Şubat’a ertelendi.
14 Şubat tarihli duruşmada mahkeme, haklarında yakalama emri bulunan ve henüz ifadesi alınmamış olan Filiz Koçali ve Ragıp Zarakolu’nun dosyalarının ayrılmasına; Zana (Bilir) Kaya, İnan Kızılkaya, Kemal Sancılı ve Eren Keskin adına süre talep edildiği için bu sanıklar yönünden de dosyanın ayrılmasına; Necmiye Alpay ve Bilge Aykut’un tüm suçlamalardan beraatine karar verdi.
Aslı Erdoğan’ın da “devletin birliğini ve bütünlüğünü bozma” ve “örgüt üyeliği” suçlamalarında beaatine karar veren mahkeme, “örgüt propagandası” suçu yönünden de Basın Kanundaki dört aylık sürenin aşılması sebebiyle düşme kararı verdi.
Süre talepleri doğrultusunda dosyaları ayrılan Eren Keskin, Zana Kaya, İnan Kızılkaya ve Kemal Sancılı’nın İstanbul 23. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 15 Mayıs’ta görülmesi planlanan duruşması, Covid-19 salgını önlemleri kapsamında 9 Eylül 2020 tarihine ertelendi (15 Mayıs).
9 Eylül tarihli duruşmaya avukatlar mazeret bildirerek katılmadı. Bir sonraki duruşma 24 Aralık 2020’de (9 Eylül).
24 Aralık’ta görülen duruşmada, mahkemeye yeni atanan üye hâkimin dosyayı incelemek için süre istemesi üzerine duruşma 15 Şubat’a ertelendi (24 Aralık).
15 Şubat’ta İstanbul 23. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen duruşmada Özgür Gündem gazetesi imtiyaz sahibi Kemal Sancılı ve yöneticileri İnan Kızılkaya ile Eren Keskin’e ‘‘örgüt üyeliği’’ suçu uyarınca 6 yıl 3 ay hapis cezası verildi. Zana Bilir Kaya’ya ise ‘‘örgüt propagandası’’ suçundan 1 yıl 13 ay hapis cezası verildi (15 Şubat).
İstinaf, Özgür Gündem ana davasında gazetenin İmtiyaz Sahibi Kemal Sancılı, Yazı İşleri Müdürü İnan Kızılkaya, Genel Yayın Yönetmeni Zana Bilir Kaya ve Eren Keskin’e verilen toplamda 20 yıl 10 aylık hapis cezasını onadı (14 Nisan).