Özgür Gündem gazetesi İstanbul 8. Sulh Ceza Hakimliği kararıyla 16 Ağustos 2016’da kapatıldı. Gazetenin Danışma Kurulu üyesi ve yazar Aslı Erdoğan 17 Ağustos 2016’da evine yapılan polis baskınıyla gözaltına alındı. Erdoğan gazetedeki pozisyonu ve yayınlanan yazıların delil olarak gösterildiği soruşturmada “örgüt üyeliği”, “örgüt propagandası” ve “halkı kışkırtmak” iddialarına ilişkin ifade verdi. 19 Ağustos’ta tutuklandı. Gazetenin sorumlu yazı işleri müdür İnan Kızılkaya ve genel yayın yönetmeni Zana Kaya 22 Ağustos’ta, Danışma Kurulu üyesi yazar/dilbilimci Necmiye Alpay ise 31 Ağustos’ta tutuklandı. Eski Eş Genel Yayın Yönetmeni Eren Keskin ise “adli kontrol şartı” ile serbest bırakıldı.
23 Kasım 2016’da İstanbul 23. Ağır Ceza Mahkemesi, kapatılan Özgür Gündem Gazetesi çalışanları hakkında hazırlanan iddianameyi kabul etti. İstanbul Cumhuriyet Savcısı Umut Tepe tarafından hazırlanan 31 sayfalık iddianamede Aslı Erdoğan, İnan Kızılkaya, Zana Kaya, Necmiye Alpay, Eren Keskin, Filiz Koçali, Ragıp Zarakolu, Kemal Sancılı ve Bilge Aykut şüpheli sıfatıyla yer alıyor. İddianamede tüm sanıklar için Türk Ceza Kanunu’nun (TCK) “Devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozmak” başlıklı 302/1, “ “Silahlı örgüt” başlıklı 314/2, ”Suç işleme amacıyla örgüt kurma” başlıklı 220/1,2,8, 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu’nun (TMK) örgüt propagandasını düzenleyen maddelerinden ceza hapis cezası istendi.
29 Aralık 2016 tarihli ilk duruşmada Erdoğan, Alpay ve Kaya tahliye edildi. Yurtdışına çıkış yasakları Temmuz 2017’de kaldırıldı. 31 Ekim 2017 tarihli duruşmada İnan Kızılkaya ve Kemal Sancılı’nın tahliyesine karar verildi. Mahkeme Kızılkaya ve Sancılı için yurtdışı yasağı koydu.
Yayıncı gazeteci Zarakolu hakkındaki yakalama kararı, avukatı aracılığıyla bulunduğu İsveç’ten adli yardıma açık olduğunu bildirdiği için 6 Mart 2018 tarihli duruşmada kaldırıldı. Aynı duruşmada Koçali hakkındaki yakalama emrinin devamına hükmedildi. Eren Keskin’in yurtdışına çıkış yasağının devamına karar verilirken Necmiye Alpay’ın duruşmalardan vareste tutulmasına karar verildi.
10 Ekim 2018 tarihli duruşmada incelemesi biten dijital materyellerin iadesine karar veren mahkeme, sanıkların ve avukatların dijital inceleme raporlarını incelemesi için yargılamayı 17 Ocak 2019 tarihine erteledi.
13 Ocak 2020 tarihli yargılamanın 15. duruşmasında savcılık mütalaasını açıkladı.
Sorumlu Yazı İşleri Müdürü İnan Kızılkaya, gazetenin imtiyaz sahibi Kemal Sancılı ve eski genel yayın yönetmeni Eren Keskin’in görevde oldukları dönemde yayınlanan yazı ve görseller nedeniyle örgüt üyeliğinden cezalandırılmaları istendi. Zana (Bilir) Kaya hakkında ise gazetenin Eş Genel Yayın Yönetmeni olduğu dönemde gazetede çıkan yazı ve haberler nedeniyle “basın yayın yoluyla zincirleme şekilde örgüt propagandası” iddiasıyla cezalandırılmasını istedi. Yazar Aslı Erdoğan yönünden “örgüt propagandası” iddiasıyla hapis cezası talep eden savcı, Necmiye Alpay ve Bilge Aykut’un ise tüm suçlamalardan beraatini talep etti. Savcı, savunması alınmayan davanın diğer sanıkları Filiz Koçali ve Ragıp Zarakolu’nun dosyalarının da ayrılmasını istedi.
Avukatların mütalaaya karşı savunma yapması için duruşma 14 Şubat’a ertelendi.
14 Şubat tarihli duruşmada mahkeme, haklarında yakalama emri bulunan ve henüz ifadesi alınmamış olan Filiz Koçali ve Ragıp Zarakolu’nun dosyalarının ayrılmasına; Zana (Bilir) Kaya, İnan Kızılkaya, Kemal Sancılı ve Eren Keskin adına süre talep edildiği için bu sanıklar yönünden de dosyanın ayrılmasına; Necmiye Alpay ve Bilge Aykut’un tüm suçlamalardan beraatine karar verdi.
Aslı Erdoğan’ın da “devletin birliğini ve bütünlüğünü bozma” ve “örgüt üyeliği” suçlamalarında beraatine karar veren mahkeme, “örgüt propagandası” suçu yönünden de Basın Kanundaki dört aylık sürenin aşılması sebebiyle düşme kararı verdi.
Özgür Gündem gazetesi yargılamasında Aslı Erdoğan’a yönelik ”örgüt propagandası” suçu yönünde verilen düşme kararı İstinaf Mahkemesi tarafından bozuldu. İstanbul 23. Ağır Ceza Mahkemesi’nin düşme kararına ilişkin yapılan savcılık itirazını karara bağlayan İstinaf Mahkemesi, hükmü bozarak dosyanın yeniden incelenmesi için ilk derece mahkemesine gönderilmesine karar verdi. İstinaf Mahkemesi suçlamaya konu yazıların internet sitesinde yayımlanmış olması nedeniyle Basın Kanunu’ndaki dört aylık zaman aşımı hükmünün uygulanmasının mümkün olmadığını savundu (18 Haziran).
Yeniden yargılamanın 16 Aralık’ta görülen duruşmasında mahkeme, 19 Ağustos 2016’da tutuklanıp dört ayı aşkın bir süre tutuklu kaldıktan sonra şimdi de 7 yıl 6 ay hapis istemiyle yargılanan Erdoğan’ın internette yayımlandığı söylenen yazılarının URL’sinin Siber Şubeye sorulmasına karar verdi. Bir sonraki duruşma 10 Şubat’ta (16 Aralık)
10 Şubat’ta görülen duruşmada, önceki duruşmada istenen yazıların tespit edilemediğinin bildiridi. Bunun üzerine mahkeme, isnat edilen suçun unsurlarının oluşmadığını belirterek Erdoğan’ın beraatine hükmetti (10 Şubat).
Erdoğan hakkında “örgüt propagandası” (TMK 7/2) suçlaması yönünden verilen beraat kararı, İstanbul Bölge Adliyesi Mahkemesi 27. Ceza Dairesi tarafından onandı. İstinaf mahkemesi, Erdoğan aleyhindeki kanıtların hükümlülük için yeterli olmadığını belirterek İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının ileri sürdüğü nedenleri bozma için yerinde görmedi (31 Mayıs).
