İstanbul Anadolu Başsavcılığı’nca KHK ile kapatılan Gazeteciler ve Yazarlar Vakfı’nın yöneticileri, üyeleri ve çalışanlarına yönelik başlatılan 1 Kasım 2017 tarihinde yapılan operasyon kapsamında gözaltına alınan ve 9 Kasım 2017 tarihinde tutuklanan eski Milliyet gazetesi yazarı Mehmet Gündem’in yargılaması, tutukluluğunun 10. ayında İstanbul 35. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 14 Ağustos 2018 tarihinde başladı.
Bank Asya’da 2001’den beri hesabı bulunduğunu ve Gazeteciler ve Yazarlar Vakfı’na 2015 Ocak sonunda gazetecilik çalışması dolayısıyla üye olduğunu ifade eden Gündem, “11 ay sonra istifa ettim. Onursal başkan olarak karar alınmış öyle toplantıya katılmadığımı beyan etmiştim. Mesleğimde insana ulaşmak diye bir ilke vardır. Ulaşılabilir olmak, eleştiriye açık olmak mesleğin gereklerinden. Telefon irtibatı olmuş olması terör irtibatı olarak adlandırılıyor. Bunu anlamakta zorlanıyorum… İçeride sürekli azalıyoruz babamı ve dedemi kaybettim cenazelerine gidemedim. 500 gün ceza mı, tedbir mi takdirini size bırakıyorum” demişti.
9 Temmuz 2019 tarihli karar duruşmasında ise Gündem, “Hapishanede dört kitap yazdım. İşim yazmak. Ama hapisliğin bu kadarı yeter. Adalete, akla ve vicdana güveniyorum” dedi. Mahkeme, Mehmet Gündem’i “terör örgütü üyeliği” suçlamasıyla 6 yıl 10 ay 15 gün hapis cezasına çarptırdı ve Gündem’in tahliyesine karar verdi. Mahkeme ayrıca yurtdışına çıkış yasağı koydu.