13 Şubat 2017 günü İstanbul 25. Ağır Ceza Mahkemesi çoğunluğu gazeteci olan 29 sanık hakkında hazırlanan iddianameyi kabul etti.
İstanbul 25. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından görülen davanın 31 Mart 2017 tarihinde görülen ilk duruşmasında tahliye kararı verilmişti. Acar, tahliyeye yapılan itiraz sonucu cezaevi çıkışında gözaltına alınarak, “Anayasal düzeni değiştirmeye teşebbüs etme” ve “Türkiye Cumhuriyeti’ni ortadan kaldırmaya teşebbüs etme” iddiasıyla yeniden tutuklandı.
Gazetecinin avukatları, Acar’ın ikinci kez tutuklanması kararının hukuki olmamasının yanı sıra soruşturma ve kovuşturma aşamalarındaki usule aykırı işlemleri öne sürerek Anayasa Mahkemesi’ne özel hayata ve aile hayatına saygı hakkının ve adil yargılanma hakkının ihlâl edildiği iddialarıyla AYM’ye başvurdu.
İstanbul 25. Ağır Ceza Mahkemesi, 18’i tutuklu 26 medya çalışanının “FETÖ üyeliği” ve “darbe teşebbüsü” suçlamasıyla yargılandığı davada 8 Mart 2018 tarihli duruşmada kararını açıkladı.
Köşe yazarı ve şarkıcı Atilla Taş’ı “FETÖ’ye bilerek yardım”dan 3 yıl 1 ay 15 gün, gazeteci Murat Aksoy’u 2 yıl 1 ay hapse mahkum etti. Medya çalışanları Ali Akkuş, Ahmet Memiş, Muhammet Sait Kuloğlu, Erkan Acar, Oğuz Usluer, Hüseyin Aydın, Ufuk Şanlı, Yetkin Yıldız, Cuma Ulus’a “örgüt üyeliği” suçlamasıyla 7 yıl 6 ay hapis; Cihan Acar, Bünyamin Köseli, İbrahim Balta, Bayram Kaya, Cemal Azmi Kalyoncu, Habip Güler, Hanım Büşra Erdal, Mutlu Çölgeçen, Ünal Tanık, Yakup Çetin, Seyit Kılıç, Hüseyin Aydın, Abdullah Kılıç ve Gökçe Fırat Çulhaoğlu aynı suçlamayla 6 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. Tutuksuz yargılanan Ali Akkuş tutuklandı. Tüm sanıklar “darbe” suçlamasından beraat etti. Hakkında yakalama kararı bulunan Said Sefa ve Bülent Ceyhan’ın dosyaları ayrıldı (8 Mart 2018).
22 Ekim 2018’de İstanbul Bölge Adliye Mahkemesi 2. Ceza Dairesi gazetecilerin istinaf taleplerini reddetti ve tutuklu sanıkların tutukluluk hâllerinin devamına hükmetti.
Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 16 Mart 2020 tarihli kararında 17 gazeteci yönünden hükmü onarken, 6 gazeteci hakkında örgüt üyeliği suçundan verilen cezalar yönünden hükmün bozulmasına karar verdi. Hanım Büşra Erdal, Cuma Ulus, Mutlu Çölgeçen, Bayram Kaya, Bünyamin Köseli, Abdullah Kılıç, Cihan Acar, Davut Aydın, Habip Güler, Halil İbrahim Balta, Hüseyin Aydın, Muhammet Sait Kuloğlu, Mustafa Erkan Acar, Oğuz Usluer, Seyid Kılıç, Murat Aksoy ve Ufuk Şanlı’ya verilen 6 yıl 3 ay hapis cezalarını onadı.
Sanıklar Ahmet Memiş, Cemal Azmi Kalyoncu, Gökçe Fırat Çulhaoğlu, Ünal Tanık, Yakup Çetin ve Yetkin Yıldız’a ‘Terör örgütü üyeliği’nden verilen hapis cezaları daha fazla araştırma yapılması gerekçesiyle bozuldu. şarkıcı Atilla Taş’a ‘örgüte yardım’dan verilen 3 yıl 1 ay 15 gün hapis cezasını ise bozdu. Atilla Taş’ın eylemlerinin ‘Cumhurbaşkanına hakaret ve Devletin kurum ve organlarını alenen aşağılama’ suçunu oluşturduğunu belirtti.
Yargıtay 16. Ceza Dairesi, FETÖ’nün KHK ile kapatılan yayın organı Zaman Gazetesi Genel Yayın Editörü Ali Akkuş hakkında verilen 7 yıl 6 aylık hapis cezasının ise bozulmasına karar verdi. Daire, Akkuş hakkında hata hükümlerinin uygulanıp ceza verilmemesi gerektiğine hükmetti. Akkuş, karar ile birlikte tahliye ettirildi.
Anayasa Mahkemesi 27 Şubat 2020 tarihli kararında Acar’ın ikinci kez tutuklanmasının kişi hürriyeti ve güvenliği hakkını ihlâl ettiğine oy çokluğuyla karar veren AYM, Acar’a 30 bin TL manevi tazminat ödenmesine hükmetti. AYM, Acar’ın başvurusundaki diğer iddiaları ise oy birliğiyle reddetti. Karar Haziran ayında kamuoyuna duyuruldu.
